Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Akdeniz Üniversitesi’nin ikinci fakültesi olarak 41 sayılı Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında Kanun Hükmünde Kararname’yi değiştiren 2809 sayılı Kanunla 28 Mart 1983 tarihinde kurulmuştur.

Ziraat Fakültesi’nde lisans eğitimine 1984-1985 eğitim-öğretim yılında Bahçe Bitkileri Bölümü’ne öğrenci alınmasıyla başlanmıştır. 1987-1988 eğitim-öğretim yılında Bitki Koruma Bölümü, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında Tarla Bitkileri, Toprak ve Zootekni bölümleri, 1996-1997 eğitim-öğretim yılında Tarım Makinaları Bölümü, 1997-1998 eğitim-öğretim yılında ise Gıda Mühendisliği ile Tarımsal Yapılar ve Sulama bölümlerinde lisans eğitimi başlamıştır.

Kuruluşunda Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Gıda Mühendisliği, Tarım Ekonomisi, Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama, Tarla Bitkileri, Toprak ve Zootekni bölümleri ile 9 bölümden oluşan fakülteye 1991 yılında Peyzaj Mimarlığı Bölümü, 2010 yılında ise Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü eklenmiştir. 2009 yılında Gıda Mühendisliği Bölümü Mühendislik Fakültesi bünyesine, 2015-2016 yılında ise Peyzaj Mimarlığı Bölümü Mimarlık Fakültesi bünyesine geçmiştir. 2009 yılında Toprak Bölümü’nün adı Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Bölümü, 2014 yılında ise Tarım Makinaları bölümünün adı Tarım Makinaları ve Teknolojileri Mühendisliği olarak değişmiştir. 

1999-2009 yılları arasında Ziraat fakülteleri, Türkiye akademik yapısı içinde lisans eğitim programları açısından en yoğun ve hızlı arayışları yaşayan fakülteler olmuştur. Tarım Orman ve Su Ürünleri Eğitimi Konseyi’nin aldığı tavsiye kararları gereğince; 1999 yılına kadar bölüm temelli lisans eğitim programları yürütülen ziraat fakültelerinde ziraat mühendisliğine yönelik eğitim programlarında azaltma ve toplulaştırılmaya gidilmiş ve buna bağlı olarak Bitkisel Üretim, Hayvansal Üretim ve Tarım Teknolojileri programları oluşturulmuştur. Bu yapıda farklı lisans diploması veren Gıda Mühendisliği ve Peyzaj Mimarlığı lisans programları ayrı tutulmuştur. Oluşturulan yeni programlara 1999-2000 eğitim-öğretim yılında öğrenci alınmış, bu öğrenciler 3. sınıfın sonuna kadar programlar içinde ortak eğitim almışlar, 4. sınıfta başarı durumları ve tercihlere bağlı olarak Bitkisel Üretim Programı öğrencileri Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Tarım Ekonomisi, Tarla Bitkileri ve Toprak alt programlarına, Hayvansal Üretim Programı öğrencileri Zootekni ve Tarım Ekonomisi, Tarım Teknolojisi Programı öğrencileri ise Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama ile Toprak alt programlarına yerleştirilerek dört yıllık lisans eğitimlerini tamamlamışlardır.  

2003 yılında, yine Tarım Orman ve Su Ürünleri Eğitimi Konseyi’nin tavsiyesi ve Yüksek Öğretim Genel Kurulu kararlarıyla Ziraat Fakültelerinde Ziraat Mühendisliği eğitimi verilen lisans programlarında yeniden toplulaştırılmaya gidilmiş, Ziraat Mühendisliği eğitiminin tek program altında verilmesi kesinleşmiş ve Ziraat Fakültesi Bünyesinde Gıda Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı ve Ziraat Mühendisliği lisans programları oluşturulmuştur. 2003-2004 eğitim-öğretim yılında öğrenci alınan bu programlardan Gıda Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı programlarına alınan öğrenciler 4 yıllık eğitimlerini bu programlar altında tamamlamış, ancak Ziraat Mühendisliği lisans programına kaydolan öğrenciler 3. sınıfa kadar tek program altında eğitim almışlar, 4. yıl eğitimlerini ise başarı durumu ve tercihler dikkate alınarak yerleştirildikleri Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Tarım Ekonomisi, Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama, Tarla Bitkileri, Toprak ve Zootekni alt programlarında tamamlamışlardır.

2008 yılında Avrupa Birliği ve dünyadaki gelişmeler ile Bologna sürecinde ortaya çıkan yeni yaklaşım ve ilkeler Ziraat Fakültelerindeki özellikle Ziraat Mühendisliğine yönelik lisans eğitim programlarının yeniden değerlendirilmesini gerektirmiştir. 19.06.2008 tarihli Yüksek Öğretim Genel Kurulu’nda lisans eğitim programlarının Ziraat Mühendislerinin Görev ve Yetkilerine İlişkin Tüzük ile açılacak programların Avrupa Birliği ve dünyada örneklerinin olması ve Bologna ilkeleri kapsamında değişim ve işbirliğine imkan verecek şekilde yeniden oluşturulması karar altına alınmış ve Üniversitelerarası Kurul oluşturulacak programlar için temel ilkeleri belirlemiştir. Bu karar ve ilkeler dikkate alınarak Ziraat Fakültesindeki Ziraat Mühendisliğine yönelik lisans programları bölüm temelli olarak yeniden şekillendirilmiş ve yeniden Bahçe Bitkileri, Bitki Koruma, Tarım Ekonomisi, Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama, Tarla Bitkileri, Toprak ve Zootekni lisans programlarına 2009-2010 eğitim öğretim yılından itibaren öğrenci alınmaya başlanmıştır.  

Ziraat Fakültesinde, esasen 2006 yılından itibaren yoğunlaştırılan Bologna süreci çalışmalarına 21 Ocak 2010 tarihinde Yükseköğretim Genel Kurulu’nda son şekli kabul edilen Türkiye Yüksek Öğretim Yeterlilikler Çerçevesi ile 13 Ocak 2011 tarihinde kabul edilen Temel Alan Yeterlilikleri’ne bağlı olarak program yeterlilikleri hazırlanarak devam edilmiş ve 2011 yılında eğitim programlarına son şekilleri verilmiştir.

2018 yılı itibariyle 9 bölümle faaliyetlerine devam eden fakültede; Bahçe Bitkileri,  Tarım Makinaları ve Teknolojileri Mühendisliği, Tarımsal Yapılar ve Sulama, Tarla Bitkileri ve Toprak Bilimi ve Bitki Besleme bölümleri kendi adlarıyla anılan anabilim dallarına sahiptir. Bitki Koruma Bölümü Entomoloji ve Fitopatoloji, Tarım Ekonomisi Bölümü Tarım İşletmeciliği ile Tarım Politikası ve Yayım, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü Bitki Biyoteknolojisi, Hayvan Biyoteknolojisi ile Enzim ve Mikrobiyal Biyoteknoloji, Zootekni Bölümü ise Biyometri-Genetik, Hayvan Yetiştirme ve Islahı ile Yemeler ve Hayvan Besleme anabilim dallarından oluşmakta; lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde eğitim-öğretim yapılmaktadır.